عفونت‌های قارچی عمیق مخصوصاً در افراد با ضعف سیستم ایمنی ممکن است روند درمان سختی داشته باشند. اکسیژن پرفشار با افزایش اکسیژن در بافت‌ها می‌تواند محیط را برای رشد قارچ نامساعد کرده و اثربخشی داروهای ضدقارچ را تقویت کند. این روش به عنوان درمان کمکی کاربرد دارد.